Molekularbiologische Methoden 2.0

Molekularbiologische Methoden 2.0 von Reinard,  Thomas
In den vergangenen Jahren hat sich die Molekularbiologie rasant weiterentwickelt. Technologien wie die Modulare Klonierung, PCR-basierte Klonierungen und das Gibson Assembly sind inzwischen in vielen Laboren als Standard etabliert. Neben den modernen Klonierungsverfahren wurden die die Denkansätze in der modernen Biologie revolutionierende Bioinformatik und die synthetische Biologie aufgenommen. Die zunehmende Bedeutung reicht inzwischen weit in die Gesellschaft hinein, wie die „Omics“-Technologien und die Genom Editierung zeigen, die ebenfalls in diesem Buch behandelt werden. Die 3. Auflage wurde korrigiert und aktualisiert und enthält viele hilfreiche Tipps und Tricks, welche die Fehlersuche im Labor erleichtern können. Concept-Maps visualisieren Zusammenhänge zwischen den vorgestellten Methoden. Zahlreiche Abbildungen und Tabellen veranschaulichen komplexe Sachverhalte, „Gut zu wissen“-Boxen liefern Hintergrundinformationen, „Tipp“-Boxen geben wertvolle Hinweise für die praktische Arbeit und Protokolle besonders wichtiger Verfahren erleichtern das Verständnis. Ideal für Studium und Praxis!
Aktualisiert: 2023-07-02
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Molekularbiologische Methoden 2.0

Molekularbiologische Methoden 2.0 von Reinard,  Thomas
In den vergangenen Jahren hat sich die Molekularbiologie rasant weiterentwickelt. Technologien wie die Modulare Klonierung, PCR-basierte Klonierungen und das Gibson Assembly sind inzwischen in vielen Laboren als Standard etabliert. Neben den modernen Klonierungsverfahren wurden die die Denkansätze in der modernen Biologie revolutionierende Bioinformatik und die synthetische Biologie aufgenommen. Die zunehmende Bedeutung reicht inzwischen weit in die Gesellschaft hinein, wie die „Omics“-Technologien und die Genom Editierung zeigen, die ebenfalls in diesem Buch behandelt werden. Die 3. Auflage wurde korrigiert und aktualisiert und enthält viele hilfreiche Tipps und Tricks, welche die Fehlersuche im Labor erleichtern können. Concept-Maps visualisieren Zusammenhänge zwischen den vorgestellten Methoden. Zahlreiche Abbildungen und Tabellen veranschaulichen komplexe Sachverhalte, „Gut zu wissen“-Boxen liefern Hintergrundinformationen, „Tipp“-Boxen geben wertvolle Hinweise für die praktische Arbeit und Protokolle besonders wichtiger Verfahren erleichtern das Verständnis. Ideal für Studium und Praxis!
Aktualisiert: 2023-06-02
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Untersuchungen zum Vorkommen von Carbapenemase-produzierenden Enterobacteriaceae bei Tieren und zum Einfluss von Resistenzplasmiden auf die bakterielle Fitness

Untersuchungen zum Vorkommen von Carbapenemase-produzierenden Enterobacteriaceae bei Tieren und zum Einfluss von Resistenzplasmiden auf die bakterielle Fitness von Pulss,  Sandra
Carbapenemase-produzierende Enterobacteriaceae stellen ein großes Problem in der Therapie von bakteriellen Infektionen dar. Besonders nosokomiale Infektionen mit diesen Erregern treten sowohl in der Human- wie auch in der Tiermedizin immer häufiger auf. Um einen Überblick über das Auftreten multiresistenter Enterobacteriaceae zu erlangen, sind Screening-Studien unerlässlich. Zur Abklärung der Ausbreitung von Carbapenemase-produzierenden Enterobacteriaceae in der Tiermedizin wurden von Juni 2012 bis Dezember 2016 insgesamt 19.025 E. coli, 1.607 Klebsiella spp. und 570 Enterobcter spp. plus 367 archivierte ESBL-/AmpC-produzierende Enterobacteriaceae aus früheren Untersuchungen von Schweinen (n = 10.899), Rindern (n = 1.889), kleinen Wiederkäuern (n = 246), Vögeln (n=132), Hunden (n=3.775), Katzen (n = 932), Pferden (n = 2.573), Nagetieren und Kaninchen (n = 428), Zoo- und Wildtiere (n = 644) und anderen (n = 51) auf eine Carbapenem-Resistenz untersucht. Das Probenmaterial stammte von Einsendungen ca. 1500 verschiedener veterinärmedizinischer Einrichtungen in unterschiedlichen Regionen in Deutschland (externe Kliniken), sowie aus den Kliniken für Pferde, Wiederkäuer, Schweine und Kleintiere und aus dem Institut für Veterinär-Pathologie der JLU Gießen (interne Kliniken). Phänotypisch Carbapenem-non-sensible Isolate wurden mittels PCR auf die Carbapenemasegene blaNDM like, blaVIM like, blaKPC-like und blaOXA-48 like und im positiven Falle auf die ESBL- und AmpC-β Laktamasen blaCTX M like, blaSHV like, blaTEM like, blaOXA like, blaCMY like, blaDHA like, blaACC like und blaFOX like getestet. Die OXA 48 like Carbapenemasen OXA-48 und OXA 181 konnten in 137 bzw. in zwei Fällen nachgewiesen werden. Alle blaOXA-48-Gene wurden auf konjugativen, ca. 60 kb IncL-Plasmiden lokalisiert. Diese Plasmide wiesen eine Sequenzhomologie von bis zu 100 % zu in der Literatur beschriebenen IncL-Plasmiden aus der Humanmedizin auf. Die OXA-48-positiven Isolate stammen ausschließlich von Kleintieren und konnten nicht bei Nutztieren nachgewiesen werden. In K. pneumoniae wurde diese Carbapenemase am häufigsten gefunden (n=86; 6,6 %), gefolgt von E. cloacae (n=28; 5 %), K. oxytoca (n=1; 0,3 %) und E. coli (n=22; 0,1 %). Bei den OXA-48-tragenden K. pneumoniae-Isolaten waren der ST11 und ST15, bei E. cloacae der ST506 und ST78 und bei E. coli der ST1196 besonders häufig vertreten. Nur 20 der 137 OXA-48-tragenden Isolate stammten von externen Tierarztpraxen. Die große Anzahl an OXA-48-positiven Isolaten aus der internen Kleintierklinik, die Ähnlichkeit der Plasmide hinsichtlich ihres Replikontyps und der Größe, das Sequenztypensprektrum und die Ergebnisse der Makrorestriktionsanalysen weisen auf eine hohe Klonalität von Isolaten innerhalb der verschiedenen Sequenztypen hin und indizieren eine nosokomiale Verbreitung entsprechender Isolate. Die Ähnlichkeit der OXA-48-Plasmide hinsichtlich ihres Replikontyps und der Größe sowie ihre in vitro gezeigten konjugativen Eigenschaften lassen zudem vermuten, dass eine Übertragung der Plasmide zwischen verschiedenen Spezies und/oder Sequenztypen stattgefunden hat. Die wiederholten Nachweise von Isolaten mit identischen Makrorestriktionsprofilen über lange Zeiträume von bis zu vier Jahren (K. pneumoniae ST15) könnten auf eine Persistenz in der Klinikumgebung hinweisen, wobei wiederhholte externe Einträge jedoch nicht ausgeschlossen werden können. Die OXA-181-tragenden E. coli-Isolate stammen aus zwei unterschiedlichen Tieren aus einem italienischen Schweinebestand. Mittels MLST wurden der ST359 und ST641 ermittelt. Ein OXA-181-tragendes Isolat beherbergte zusätzlich die Colistin-Resistenzdeterminante MCR 1 und das Methyltransferasegen armA. Beide OXA-181-Plasmide besaßen außerdem das Quinolon-Resistenzgen qnrS1. Das Carbapenemase-Gen blaOXA 181 konnte auf einem ca. 50 kb großen, nicht-konjugativen IncX3-Plasmid nachgewiesen werden. Das Colistin-Resistenzgen mcr 1 wurde auf einem ca. 30 kb großen IncX4-Plasmid lokalisiert. Während in der Humanmedizin bereits OXA 181-tragende IncX3-Plasmide mit bis zu 100 % Sequenzhomologie zu den Funden dieser Studie beschrieben wurden, handelt es sich hier um den einzigen OXA 181-Nachweis in Schweinebeständen. Das nachgewiesene IncX4-Plasmid wies ebenfalls eine hohe Sequenzhomologie von bis zu 99,97 % zu bereits beschriebenen IncX4-Plasmiden auf. Die Kombination von OXA-181 und der Colistin-Resistenz MCR 1 in einem Bakterium wird hier das erste Mal beschrieben. In den ergänzenden Untersuchungen zum Einfluss des OXA-48-Plasmids auf die Biofilmbildung konnte aufgrund differierender Biofilmexpression der Isolate sowohl mit Resistenzplasmid (Wildtypstamm) als auch ohne OXA-48-Plasmid (Plasmid-gecurte Variante) keine Aussage über einen einheitlichen Effekt des Resistenzplasmids auf die Fähigkeit zur Biofilmbildung gegeben werden. Dies deutet auf sehr komplexe Mechanismen der Biofilmbildung hin. Auf die Sterblichkeit der Wachsmottenlarven konnte in den hier beschriebenen Untersuchungen kein statistisch signifikanter Einfluss des OXA-48-Plasmids ermittelt werden. Zusammenfassend betrachtet lag die Letalität der Wachsmottenlarven, die mit Isolaten mit oder ohne Resistenzplasmid infiziert wurden, im selben Bereich. Diese Arbeit konnte einen Überblick über die Verbreitung Carbapenemase-produzierender Enterobacteriaceae bei Tieren in Deutschland schaffen und Aufschluss über die nosokomiale Ausbreitung von verschiedenen Spezies und Sequenztypen mit einem OXA-48-Plasmid gleicher Größe und identischen Replikontyps in einer Tierklinik geben. Für die gezielte Bekämpfung von Tierklinik-assoziierten Infektionsgeschehen sind, analog zur Humanmedizin, Surveillance-Studien von großer Bedeutung. Die Kenntnis zur molekularen Epidemiologie von Carbapenemase-produzierenden Bakterien und deren Resistenzplasmiden ist eine wesentliche Voraussetzung für die Implementierung bzw. Optimierung von präventiven Hygienemaßnahmen in Tierkliniken. Es konnte gezeigt werden, dass Carbapenemase-Bildner aus der Veterinär- und Humanmedizin wesentliche gemeinsame Eigenschaften aufweisen. Dies verdeutlicht einmal mehr, dass der globalen Antibiotikaresistenz-Problematik nur mit einem „One Health“-Ansatz begegnet werden kann.
Aktualisiert: 2022-12-23
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Molekularbiologische Methoden 2.0

Molekularbiologische Methoden 2.0 von Reinard,  Thomas
In den vergangenen Jahren hat sich die Molekularbiologie rasant weiterentwickelt. Technologien wie die Modulare Klonierung, PCR-basierte Klonierungen und das Gibson Assembly sind inzwischen in vielen Laboren als Standard etabliert. Neben den modernen Klonierungsverfahren wurden die die Denkansätze in der modernen Biologie revolutionierende Bioinformatik und die synthetische Biologie aufgenommen. Die zunehmende Bedeutung reicht inzwischen weit in die Gesellschaft hinein, wie die „Omics“-Technologien und die Genom Editierung zeigen, die ebenfalls in diesem Buch behandelt werden. Die 3. Auflage wurde korrigiert und aktualisiert und enthält viele hilfreiche Tipps und Tricks, welche die Fehlersuche im Labor erleichtern können. Concept-Maps visualisieren Zusammenhänge zwischen den vorgestellten Methoden. Zahlreiche Abbildungen und Tabellen veranschaulichen komplexe Sachverhalte, „Gut zu wissen“-Boxen liefern Hintergrundinformationen, „Tipp“-Boxen geben wertvolle Hinweise für die praktische Arbeit und Protokolle besonders wichtiger Verfahren erleichtern das Verständnis. Ideal für Studium und Praxis!
Aktualisiert: 2023-05-02
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Genetische Hintergründe für die Verbreitung der Extended-Spektrum Beta-Laktamase Gene blaCTX-M in Escherichia coli

Genetische Hintergründe für die Verbreitung der Extended-Spektrum Beta-Laktamase Gene blaCTX-M in Escherichia coli von Cullik,  Angela
Unter den Gram-negativen Erregern ist Escherichia coli (E. coli) die Hauptursache nosokomialer Infektionen. Infolge von Antibiotika-Therapien kommt es zur Ausbildung von Resistenzen, bei E. coli vorwiegend gegen beta-Laktam-Antibiotika wie Penicilline und Cephalosporine (ESBL-Bildner). Diese Arbeit beschreibt die molekulargenetischen Ursachen, die zur Verbreitung der Gene für Cephalosporin-Resistenz, blaCTX-M, beitragen. Anhand einer Kollektion von E. coli Isolaten aus nosokomialen Infektionen konnte beispielhaft gezeigt werden, dass neben klonaler Ausbreitung Cephalosporin-resistenter E. coli Stämme auch spezifische mobile genetische Elemente (MGE), darunter IS26 Transposons, eine entscheidende Rolle für die Verbreitung der Resistenzgene spielen. Desweiteren wird auf die Bedeutung von Plasmiden und ihrer molekularen Strukturen bei der stabilen Weitergabe von Resistenzgenen bei E. coli eingegangen.
Aktualisiert: 2022-01-11
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