Der Experimentator: Proteinbiochemie/Proteomics

Der Experimentator: Proteinbiochemie/Proteomics von Letzel,  Thomas, Rehm,  Hubert
Die überarbeitete und aktualisierte 7. Auflage dieses Buches gibt einen Überblick über bewährte und neue Methoden der Proteinbiochemie und Proteomics. Es zeigt Auswege aus experimentellen und strategischen Sackgassen. Zudem weckt es ein Gespür für das richtige Experiment zur richtigen Zeit. Behandelt werden klassische Verfahren wie Säulenchromatographie, HPLC, Elektrophoresen, Blots, ELISA, Ligandenbindungstests, die Herstellung von Antikörpern, das Solubilisieren von Membranproteinen, die Analyse von Glykoproteinen usw. Einen großen Raum nehmen die modernen Verfahren ein: Massenspektrometrie, Proteomics und thermische Analyse. In die wurden neue Techniken zur Bestimmung der Wechselwirkung von Proteinen mit Proteinen oder von Proteinen mit kleinen Molekülen aufgenommen: DARTS, DRACALA, SPROX und andere. Des weiteren erfahren Sie, wie man mit dem Massenspektrometer eine Bindung misst. Auch Methoden zur Herstellung von Bindungsproteinen gegen bestimmte Zielmoleküle werden vorgestellt: Ribosomen Display und DNA- und Peptid-Aptamer-Techniken. Der Fluoreszenznachweis von Proteinen mit Hilfe von Trihalogenverbindungen durfte nicht fehlen und wer die Stabilität und Faltung von Proteinen messen will, kann hier nachlesen, ob er dazu ein CD-Spektrometer benutzen sollte. Auf die Fortschritte in der HPLC und der Massenspektrometrie von Membranproteinen wird ebenso eingegangen wie auf ihre Rekonstitution in Nanoscheibchen (Nanodiscs). Die Mikrodissektion mit UV-Laser, die isoelektrische Fokussierung in Kapillaren und iTRAQ-Tags werden erklärt. Dazu kommt eine Anzahl neuer Tricks zur Proteinbestimmung, Gelfärbung, Blottechnik, Immunfärbung, Elution aus Gelstückchen etc.
Aktualisiert: 2023-07-03
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Der Experimentator: Proteinbiochemie/Proteomics

Der Experimentator: Proteinbiochemie/Proteomics von Letzel,  Thomas, Rehm,  Hubert
Die überarbeitete und aktualisierte 7. Auflage dieses Buches gibt einen Überblick über bewährte und neue Methoden der Proteinbiochemie und Proteomics. Es zeigt Auswege aus experimentellen und strategischen Sackgassen. Zudem weckt es ein Gespür für das richtige Experiment zur richtigen Zeit. Behandelt werden klassische Verfahren wie Säulenchromatographie, HPLC, Elektrophoresen, Blots, ELISA, Ligandenbindungstests, die Herstellung von Antikörpern, das Solubilisieren von Membranproteinen, die Analyse von Glykoproteinen usw. Einen großen Raum nehmen die modernen Verfahren ein: Massenspektrometrie, Proteomics und thermische Analyse. In die wurden neue Techniken zur Bestimmung der Wechselwirkung von Proteinen mit Proteinen oder von Proteinen mit kleinen Molekülen aufgenommen: DARTS, DRACALA, SPROX und andere. Des weiteren erfahren Sie, wie man mit dem Massenspektrometer eine Bindung misst. Auch Methoden zur Herstellung von Bindungsproteinen gegen bestimmte Zielmoleküle werden vorgestellt: Ribosomen Display und DNA- und Peptid-Aptamer-Techniken. Der Fluoreszenznachweis von Proteinen mit Hilfe von Trihalogenverbindungen durfte nicht fehlen und wer die Stabilität und Faltung von Proteinen messen will, kann hier nachlesen, ob er dazu ein CD-Spektrometer benutzen sollte. Auf die Fortschritte in der HPLC und der Massenspektrometrie von Membranproteinen wird ebenso eingegangen wie auf ihre Rekonstitution in Nanoscheibchen (Nanodiscs). Die Mikrodissektion mit UV-Laser, die isoelektrische Fokussierung in Kapillaren und iTRAQ-Tags werden erklärt. Dazu kommt eine Anzahl neuer Tricks zur Proteinbestimmung, Gelfärbung, Blottechnik, Immunfärbung, Elution aus Gelstückchen etc.
Aktualisiert: 2023-07-03
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Der Experimentator: Proteinbiochemie/Proteomics

Der Experimentator: Proteinbiochemie/Proteomics von Letzel,  Thomas, Rehm,  Hubert
Die überarbeitete und aktualisierte 7. Auflage dieses Buches gibt einen Überblick über bewährte und neue Methoden der Proteinbiochemie und Proteomics. Es zeigt Auswege aus experimentellen und strategischen Sackgassen. Zudem weckt es ein Gespür für das richtige Experiment zur richtigen Zeit. Behandelt werden klassische Verfahren wie Säulenchromatographie, HPLC, Elektrophoresen, Blots, ELISA, Ligandenbindungstests, die Herstellung von Antikörpern, das Solubilisieren von Membranproteinen, die Analyse von Glykoproteinen usw. Einen großen Raum nehmen die modernen Verfahren ein: Massenspektrometrie, Proteomics und thermische Analyse. In die wurden neue Techniken zur Bestimmung der Wechselwirkung von Proteinen mit Proteinen oder von Proteinen mit kleinen Molekülen aufgenommen: DARTS, DRACALA, SPROX und andere. Des weiteren erfahren Sie, wie man mit dem Massenspektrometer eine Bindung misst. Auch Methoden zur Herstellung von Bindungsproteinen gegen bestimmte Zielmoleküle werden vorgestellt: Ribosomen Display und DNA- und Peptid-Aptamer-Techniken. Der Fluoreszenznachweis von Proteinen mit Hilfe von Trihalogenverbindungen durfte nicht fehlen und wer die Stabilität und Faltung von Proteinen messen will, kann hier nachlesen, ob er dazu ein CD-Spektrometer benutzen sollte. Auf die Fortschritte in der HPLC und der Massenspektrometrie von Membranproteinen wird ebenso eingegangen wie auf ihre Rekonstitution in Nanoscheibchen (Nanodiscs). Die Mikrodissektion mit UV-Laser, die isoelektrische Fokussierung in Kapillaren und iTRAQ-Tags werden erklärt. Dazu kommt eine Anzahl neuer Tricks zur Proteinbestimmung, Gelfärbung, Blottechnik, Immunfärbung, Elution aus Gelstückchen etc.
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Die überarbeitete und aktualisierte 7. Auflage dieses Buches gibt einen Überblick über bewährte und neue Methoden der Proteinbiochemie und Proteomics. Es zeigt Auswege aus experimentellen und strategischen Sackgassen. Zudem weckt es ein Gespür für das richtige Experiment zur richtigen Zeit. Behandelt werden klassische Verfahren wie Säulenchromatographie, HPLC, Elektrophoresen, Blots, ELISA, Ligandenbindungstests, die Herstellung von Antikörpern, das Solubilisieren von Membranproteinen, die Analyse von Glykoproteinen usw. Einen großen Raum nehmen die modernen Verfahren ein: Massenspektrometrie, Proteomics und thermische Analyse. In die wurden neue Techniken zur Bestimmung der Wechselwirkung von Proteinen mit Proteinen oder von Proteinen mit kleinen Molekülen aufgenommen: DARTS, DRACALA, SPROX und andere. Des weiteren erfahren Sie, wie man mit dem Massenspektrometer eine Bindung misst. Auch Methoden zur Herstellung von Bindungsproteinen gegen bestimmte Zielmoleküle werden vorgestellt: Ribosomen Display und DNA- und Peptid-Aptamer-Techniken. Der Fluoreszenznachweis von Proteinen mit Hilfe von Trihalogenverbindungen durfte nicht fehlen und wer die Stabilität und Faltung von Proteinen messen will, kann hier nachlesen, ob er dazu ein CD-Spektrometer benutzen sollte. Auf die Fortschritte in der HPLC und der Massenspektrometrie von Membranproteinen wird ebenso eingegangen wie auf ihre Rekonstitution in Nanoscheibchen (Nanodiscs). Die Mikrodissektion mit UV-Laser, die isoelektrische Fokussierung in Kapillaren und iTRAQ-Tags werden erklärt. Dazu kommt eine Anzahl neuer Tricks zur Proteinbestimmung, Gelfärbung, Blottechnik, Immunfärbung, Elution aus Gelstückchen etc.
Aktualisiert: 2023-05-21
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Der Experimentator: Proteinbiochemie/Proteomics

Der Experimentator: Proteinbiochemie/Proteomics von Letzel,  Thomas, Rehm,  Hubert
Die überarbeitete und aktualisierte 7. Auflage dieses Buches gibt einen Überblick über bewährte und neue Methoden der Proteinbiochemie und Proteomics. Es zeigt Auswege aus experimentellen und strategischen Sackgassen. Zudem weckt es ein Gespür für das richtige Experiment zur richtigen Zeit. Behandelt werden klassische Verfahren wie Säulenchromatographie, HPLC, Elektrophoresen, Blots, ELISA, Ligandenbindungstests, die Herstellung von Antikörpern, das Solubilisieren von Membranproteinen, die Analyse von Glykoproteinen usw. Einen großen Raum nehmen die modernen Verfahren ein: Massenspektrometrie, Proteomics und thermische Analyse. In die wurden neue Techniken zur Bestimmung der Wechselwirkung von Proteinen mit Proteinen oder von Proteinen mit kleinen Molekülen aufgenommen: DARTS, DRACALA, SPROX und andere. Des weiteren erfahren Sie, wie man mit dem Massenspektrometer eine Bindung misst. Auch Methoden zur Herstellung von Bindungsproteinen gegen bestimmte Zielmoleküle werden vorgestellt: Ribosomen Display und DNA- und Peptid-Aptamer-Techniken. Der Fluoreszenznachweis von Proteinen mit Hilfe von Trihalogenverbindungen durfte nicht fehlen und wer die Stabilität und Faltung von Proteinen messen will, kann hier nachlesen, ob er dazu ein CD-Spektrometer benutzen sollte. Auf die Fortschritte in der HPLC und der Massenspektrometrie von Membranproteinen wird ebenso eingegangen wie auf ihre Rekonstitution in Nanoscheibchen (Nanodiscs). Die Mikrodissektion mit UV-Laser, die isoelektrische Fokussierung in Kapillaren und iTRAQ-Tags werden erklärt. Dazu kommt eine Anzahl neuer Tricks zur Proteinbestimmung, Gelfärbung, Blottechnik, Immunfärbung, Elution aus Gelstückchen etc.
Aktualisiert: 2023-05-21
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Differentielle Analyse des Phosphoproteoms Apoptose-induzierter Jurkat ACC 282-Zellen

Differentielle Analyse des Phosphoproteoms Apoptose-induzierter Jurkat ACC 282-Zellen von Müller,  Benjamin
Apoptose, die bekannteste Form des programmierten Zelltods, spielt eine zentrale Rolle bei einer Vielzahl von Prozessen in multizellulären Organismen. Aufgrund der vielseitigen Funktion der Apoptose kann eine Fehlregulation zu schwerwiegenden Krankheiten führen, wie beispielsweise Krebs oder neurodegenerative Erkrankungen. Eine Aufklärung der Mechanismen der Apoptose ist neben der Erforschung dieser Erkrankungen auch für die Produktion von biopharmazeutischen Wirkstoffen in Säugerzellen von Interesse, wo der programmierte Zelltod einen limitierenden Faktor der Produktivität darstellt. Die Untersuchung der Apoptose konzentriert sich in dieser Arbeit auf eine bestimmte Ebene der Proteinregulation, die Proteinphosphorylierungen. Diese posttranslationale Modifikation von Proteinen kann deren Aktivität, Lokalisation und Degradation kontrollieren und damit eine wichtige Funktion bei der Regulation von Signaltransduktionskaskaden, wie bei der Induktion der Apoptose, einnehmen. Die differentielle, massenspektrometrische Analyse des Phosphoproteoms führte zur Identifikation von 1.212 Phosphoproteinen, von denen 147 als reguliert identifiziert werden konnten. Die vorliegende Arbeit liefert erstmalig ein zellübergreifendes Bild der Veränderungen des Phosphoproteoms von mit Etoposid induzierten, apoptotischen Jurkat-Zellen.
Aktualisiert: 2023-05-15
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Charakterisierung des molekularen Wirkmechanismus des Varroazids Ameisensäure auf Honigbienen und Varroa-Milben

Charakterisierung des molekularen Wirkmechanismus des Varroazids Ameisensäure auf Honigbienen und Varroa-Milben von Genath,  Antonia
This work investigated the influence of the varroacide formic acid on the honeybee Apis mellifera as well as its parasite Varroa destructor. Varroosis, in combination with other factors, leads to partially massive honeybee colony losses. These are of enormous ecological and economic importance, making an efficient drug treatment of the bee colonies obligatory. Formic acid is currently considered the most reliable and relatively simple treatment method due to its numerous advantages over other active substances, although damage to the honeybee may occur during this treatment. In order to increase the understanding of the mechanism of action of formic acid and to reduce the negative effects on the honeybee in the future by an adapted application, the reaction to 60% formic acid in honeybees and varroa mites was investigated using comparative molecular biological and biochemical methods. In the present study, molecular endogenous effects of formic acid treatment on gene expression in honeybee and varroa mite were investigated. For this purpose, RNA-Seq was applied and the results were subsequently validated by RT-qPCR analyses. Subsequent proteome analyses were performed to detect the correlating proteins in order to determine whether these detected transcriptional changes are also reflected in the protein pattern. In this work corresponding experiments were carried out for the varroa mite, the least studied model. Since even the concentration of a protein in a system does not provide valid details about its activity and function, the formic acid-specific activity of selected enzymes was examined in functional assays in the last part of the work. For this purpose, an activity assay of Cytochrom C oxidase was established in a microtiter plate system. Further investigations of the enzymatic activity of some important candidate proteins will follow by their recombinant expression with subsequent functional assays. The results of transcriptome analysis in honeybees indicate that the known higher formic acid sensitivity of the younger larval stages compared to the newly hatched worker bees is due to a lower detoxification capacity as a result of a reduced equipment with appropriate detoxification enzymes compared to adult bees. However, a detection of formic acid-induced candidate genes in honey bees could not be achieved in varroa mites. This could indicate different formic acid metabolism strategies between these two organisms. On this basis, the persistent problem of unwanted damage to bees during formic acid treatment could be solved by developing new formulations and/or applications that target specific target structures in the mites. The proteome analysis of formic acid-treated varroa mites indicated an imbalance in proteostasis due to restricted protein synthesis combined with increased protein degradation. This indicates a significant loss of mass and could explain a damaging effect of formic acid on the varroa mites. The formic acid-exposed varroa mites showed an induction of heat shock proteins, an indicator of oxidative stress. This is presumably caused by a specific inhibition of the respiratory chain and the citrate cycle, which is proven in our data. As a result, damage to cellular macromolecules leads to the ageing of the organism and ultimately to cell death. The proteome analysis further revealed an increased concentration of several candidate proteins associated with detoxification, which however did not correlate with the transcriptome analysis. Overall, the investigation of the proteins with the components of the respiratory chain provided the presumed primary target site of formic acid action as well as the defence mechanisms responsible for formic acid-generated toxicity, which according to our data mainly include heat shock proteins and detoxification enzymes. The initial results of the activity studies of Cytochrom C oxidase indicate an inhibition by formic acid. These results confirm previous findings from the literature and further data sets of this work. Thus, formic acid damage appears to be a consequence of oxidative stress produced by inhibition of cellular respiration with lactic acidosis. In summary, our data show for the first time molecular effects of formic acid treatment on honeybees and simultaneously on varroa mites. Based on the findings of this study, future treatment strategies can be specifically adapted to the varroa mite, thereby significantly increasing the success of treatment in varroa control; the negative effects on honeybees, which have frequently occurred up to now, can be reduced by a better understanding of the molecular processes.
Aktualisiert: 2022-12-31
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Molekularbiologie für Dummies

Molekularbiologie für Dummies von Neis-Beeckmann,  Petra
Nukleinsäuren und Proteine sind die Moleküle, auf denen sich jede Art von Leben gründet - vom einzelligen Bakterium bis zum ausgewachsenen Elefanten. Dieses Buch gibt Ihnen einen umfassenden Überblick über den Wissenschaftsbereich, der sich mit diesen Molekülen beschäftigt. Petra Neis-Beeckmann erklärt Ihnen verständlich und fundiert alles, was Sie über Genomik und Proteomik wissen müssen. Beginnend mit den genetischen und biochemischen Grundlagen tauchen Sie ein in die Welt der DNA, RNA, Enzyme und Co. Aber auch für die praktische Arbeit im Labor bekommen Sie alles Wichtige an die Hand: So werden von PCR bis Sequenzanalyse alle wichtigen molekularbiologischen Methoden besprochen. Farbige Abbildungen und ein Kapitel zum aktuellen Thema Genome Editing runden das Buch ab.
Aktualisiert: 2023-04-17
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